Potrivit poveștii, Fecioara Maria călătorea cu Sfântul Ioan Evanghelistul în Cipru. În momentul în care a ajuns în peninsula Athos, corabia a început să ia apă și, ca urmare, a ancorat în fața mănăstirii de astăzi numită Iviron. Fecioara Maria a recunoscut imediat frumusețea și energia zonei și i-a cerut lui Hristos ca aici să fie grădina ei. Dintr-o dată s-a auzit o voce care spunea: ''Fie ca acest loc să fie moștenirea ta și grădina ta un paradis pentru cei care doresc mântuirea sufletului''. Din acel moment, muntele a fost numit "Fântâna Fecioarei Maria", dedicată mamei lui Hristos și interzisă tuturor femeilor.

În anul 50 d.Hr. Chalkidiki îmbrățișează creștinismul odată cu sosirea apostolului Pavel, iar primul călugăr este Sfântul Petru Athonitul. Se spune că în cei 53 de ani în care a practicat nu a întâlnit nicio ființă umană, iar după moartea sa, scheletul său i-a atras pe următorii asceți.

În anul 860 d.Hr. au fost înființate primele mănăstiri în Athos. Una lângă Ierissos și cealaltă lângă arsana lui M. Chiliandarion de către Ioan Kolobos și, respectiv, Hosios Vasilios. În 885 d.Hr., cu o bulă imperială de aur și cu sigiliul său de aur, Vasile I al Macedoniei declară Muntele Athos ca fiind domeniul exclusiv al călugărilor bărbați. în 934 d.Hr. este definit centrul responsabilităților administrative ale călugărilor ca fiind punctul numit acum Karyes. în 942 d.Hr. este stabilită granița dintre călugări și Ierissites, cu Zygos ca graniță naturală, așa cum este definită și astăzi.

Cea mai mare, cea mai importantă și prima mănăstire construită a fost Mănăstirea Megisti Lavra în anul 963 d.Hr. cu sprijinul împăratului Nikiforos Fokas. Apoi, pe măsură ce a urmat o epocă de dezvoltare economică și religioasă, Chalkidiki aparținând Bizanțului, au fost construite celelalte 19 mănăstiri.

În anul 1748 d.Hr. a fost fondată Academia Athoniană, care este până în prezent o școală teologică și filosofică. În 1988 d.Hr. Muntele Athos a fost declarat Patrimoniu Mondial UNESCO datorită valorii sale deosebite la nivel mondial. După cum afirmă Unesco, Muntele Athos reprezintă o bogăție vastă de patrimoniu istoric, religios, cultural și artistic. Calendarul urmat de călugări este calendarul iulian, care diferă cu 13 zile în plus față de calendarul gregorian, precum și față de calendarul bizantin.