Σύμφωνα με την ιστορία, η Παναγία ταξίδευε με τον Άγιο Ιωάννη τον Ευαγγελιστή προς την Κύπρο. Τη στιγμή που βρισκόταν στη χερσόνησο του Άθω το πλοίο ξεκίνησε να παίρνει νερά με αποτέλεσμα να αγκυροβολήσει μπροστά από το σημερινό μοναστήρι που λέγεται Ιβήρων. Η Παναγία αμέσως αναγνώρισε την ομορφιά και την ενέργεια της περιοχής και ζήτησε από τον Χριστό εδώ, να γίνει ο κήπος της. Ξαφνικά ακούστηκε μια φωνή λέγοντας: ‘’ Ας είναι αυτός ο τόπος η κληρονομιά και ο κήπος σου ένας παράδεισος για εκείνους που επιθυμούν τη σωτηρία της ψυχής’’. Από εκείνη τη στιγμή και μετά το βουνό πήρε το όνομα ΄΄Περιβόλι της Παναγίας΄΄, αφιερώθηκε στη μητέρα του Χριστού και απαγορεύτηκε η είσοδος σε όλες τις γυναίκες.

Το 50 μ.Χ. η Χαλκιδική ασπάζεται τον Χριστιανισμό με τον ερχομό του Αποστόλου Παύλου και πρώτος μοναχός γίνεται ο Άγιος Πέτρος ο Αθωνίτης. Λέγεται πως τα 53 χρόνια που ασκήτευε δεν συνάντησε κανέναν άνθρωπο και μετά το θάνατο του, το μυροβολίζον σκήνωμά του προσέλκυσετους επόμενους ασκητές.

Το 860 μ.Χ. ιδρύονται στον Άθω οι πρώτες μονές. Η μία κοντά στην Ιερισσό και η άλλη κοντά στον αρσανά του Μ. Χιλιανδαρίου από τον Ιωάννη Κολοβό και Όσιο Βασίλειο αντίστοιχα. Το 885 μ.Χ. με ένα αυτοκρατορικό χρυσόβουλο και τη χρυσή σφραγίδα του ο Βασίλειος Ά ο Μακεδών, ανακηρύσσει το Όρος ως μέρος αποκλειστικά αντρών μοναχών.Στη πολιτεία των μοναχών πλέον, το 934 μ.Χ. ως κέντρο διοικητικών αρμοδιοτήτων ορίζεται το σημείο που σήμερα ονομάζεται Καρυές.Το 942 μ.Χ. γίνεται η οριοθέτηση μεταξύ των μοναχών και των Ιερισσιωτών, με φυσικό σύνορο τον Ζυγό, όπως ορίζεται μέχρι και σήμερα.

Το μεγαλύτερο, το σημαντικότερο και πρώτο μοναστήρι που χτίστηκε ήταν η Μονή της Μεγίστης Λαύρας το 963 μ.Χ. με την υποστήριξη του αυτοκράτορα Νικηφόρου Φωκά. Στη συνέχεια καθώς ακολούθησε μια εποχή οικονομικής και θρησκευτικής ανάπτυξης με τη Χαλκιδική να ανήκει στο Βυζάντιο χτίστηκαν και τα υπόλοιπα 19 μοναστήρια.

Το 1748 μ.Χ. ιδρύθηκε η Αθωνιάδα Ακαδημία και μέχρι σήμερα αποτελεί ένα θεολογικό και φιλοσοφικό σχολείο. Το 1988 μ.Χ. το Άγιο Όρος ανακηρύσσεται ως μνημείο παγκόσμιας κληρονομιάς τηςUnesco λόγω της ιδιαίτερης αξίας του σε παγκόσμιο επίπεδο. Όπως χαρακτηριστικά αναφέρει η Unesco  το Άγιο Όρος αποτελεί ένα τεράστιο πλούτο ιστορικής, θρησκευτικής, πολιτιστικής και καλλιτεχνικής κληρονομιάς. Το ημερολόγιο που ακολουθούν οι μοναχοί είναι το Ιουλιανό, που διαφέρει κατά επιπλέον 13 ημέρες από το γρηγοριανό ημερολόγιο, καθώς και τη Βυζαντινή ώρα.